À la demande du Cardinal Rodrigue Villeneuve, archevêque de Québec, les Eudistes acceptèrent de fonder, en septembre 1937, un Collège classique dans le quartier ouvrier de Limoilou. Il n'y avait alors à Québec que deux institutions classiques pour garçons: le Petit Séminaire de Québec et le Collège Saint-Charles-Garnier, dirigé par les Jésuites.

L'Externat débuta modestement en ouvrant ses classes dans une maison privée sise à Limoilou; par la suite, on procéda à la construction de l'édifice permanent qui devait loger l'Externat. Affilié à la Faculté des Arts de l'université Laval, l'Externat forma plusieurs générations de professionnels de la région de Québec en offrant le cours classique menant au baccalauréat ès arts. A compter des années 1965, les changements survenus dans le domaine de l'éducation modifièrent considérablement les programmes d'études dispensés. En 1967, suite aux recommandations du rapport de la "Commission Parent", le réseau des Cégeps (Collèges d'enseignement général et professionnel) fut mis sur pied: le cours classique en vigueur depuis une centaine d'années disparaissait.

La Congrégation se départit de la direction de l'Externat en 1968; en juillet le Collège fut vendu à la Corporation du Cégep de Limoilou. Quant à sa charte, les Eudistes l'ont remise à une corporation laïque qui a organisé une institution d'enseignement privé de niveau secondaire en 1970; il s'agit de l'Externat Saint-Jean-Eudes dans lequel la Congrégation n'a retenu aucun engagement.